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基于信息熵的磷酸化作用預(yù)測(cè)
磷酸化作用在多種真核細(xì)胞中具有重要的功能.由于對(duì)蛋白質(zhì)激酶底物的實(shí)驗(yàn)測(cè)定方法限制較多,同時(shí)費(fèi)時(shí)費(fèi)力,因此急需發(fā)展快速、自動(dòng)的機(jī)器學(xué)習(xí)方法.利用蛋白質(zhì)的一級(jí)序列信息可以對(duì)不同激酶家族作用的磷酸化位點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測(cè),同時(shí)也是對(duì)實(shí)驗(yàn)的一種補(bǔ)充和指導(dǎo).如果僅對(duì)磷酸化位點(diǎn)附近的短肽序列進(jìn)行處理會(huì)丟失相當(dāng)?shù)男畔?將對(duì)預(yù)測(cè)結(jié)果造成一定影響.提出了一種基于信息熵的磷酸化位點(diǎn)預(yù)測(cè)方法IEPP(information-entropy based phosphorylation prediction),利用熵信息對(duì)磷酸化位點(diǎn)周圍的氨基酸位點(diǎn)進(jìn)行選擇和排除,僅選擇對(duì)磷酸化作用有效的位點(diǎn)參與預(yù)測(cè).對(duì)3個(gè)代表性激酶家族ABL,MAPK和PKA的測(cè)試表明,敏感性(Sn)和專一性(Sp)均好于較新的PPSP和GPS算法的結(jié)果.而且同一些在線預(yù)測(cè)網(wǎng)站的實(shí)時(shí)測(cè)試,如Scansite等相比,結(jié)果也要好于這些測(cè)試方法.這些都證明了本研究提出的方案是一種有效的磷酸化作用位點(diǎn)預(yù)測(cè)方法,且具有簡(jiǎn)單、高效、實(shí)時(shí)性好等優(yōu)點(diǎn).
作 者： 王明會(huì) 李春華 陳慰祖 王存新 作者單位： 北京工業(yè)大學(xué)生命科學(xué)與生物工程學(xué)院,北京,100022 刊 名： 中國(guó)科學(xué)C輯 ISTIC PKU 英文刊名： SCIENCE IN CHINA(SERIES C) 年，卷(期)： 2007 37(6) 分類號(hào)： O6 關(guān)鍵詞： 磷酸化 信息熵 生物信息學(xué)【基于信息熵的磷酸化作用預(yù)測(cè)】相關(guān)文章：
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