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基于RefSeq數(shù)據(jù)庫的人類標準轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)集的構(gòu)建
美國國家生物信息技術(shù)中心(NCBI)提供了具有生物意義上的非冗余的基因和蛋白質(zhì)序列的RefSeq參考序列數(shù)據(jù)庫.然而,由于基因普遍存在的多態(tài)性以及不同實驗室對于序列測定的質(zhì)量控制存在差異等原因,已發(fā)現(xiàn)RefSeq數(shù)據(jù)庫可能存在部分質(zhì)量問題.文章基于"中心法則"提出"標準轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)集"的概念,以人類基因和基因組序列為例,利用BLAT、Sim4和自行設(shè)計的Elparser等基因結(jié)構(gòu)解析程序分析了RefSeq人類基因轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)(2005-4-18)與目前所公布的人類標準基因組(2005-4-20)的對應(yīng)關(guān)系.對于有實驗證據(jù)支持的標記為NM_和NR_的記錄,多種程序分析結(jié)果表明,其與標準基因組完全相對應(yīng)的記錄為9 771個;符合多個程序修訂標準的記錄有10 943個;而與標準基因組有較大差異的記錄為203個,多種程序分析結(jié)果不一致的記錄為2 676個,提示研究人員在使用此非標準轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)時,必須考慮到其存在非標準轉(zhuǎn)錄的原因甚至存在錯誤的可能性.此文為基于標準、高質(zhì)量轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)集的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析、分子生物學(xué)實驗設(shè)計、基因多樣性和遺傳變異分析等提供了重要的參考標準.相關(guān)結(jié)果可通過http://biocompute bmi.ac.cn/transcriptome/訪問.
作 者： 李稚鋒 李玉鑒 趙東升 杭興宜 王正志 駱志剛 張成崗 LI Zhi-Feng LI Yu-Jian ZHAO Dong-Sheng HANG Xing-Yi WANG Zheng-Zhi LUO Zhi-Gang ZHANG Cheng-Gang 作者單位： 李稚鋒,LI Zhi-Feng(軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所,北京,100850;國防科技大學(xué)機電工程與自動化學(xué)院,長沙,410073)李玉鑒,LI Yu-Jian(北京工業(yè)大學(xué)計算機學(xué)院,北京,100822)
趙東升,ZHAO Dong-Sheng(軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院衛(wèi)生勤務(wù)與醫(yī)學(xué)情報研究所,北京,100850)
杭興宜,張成崗,HANG Xing-Yi,ZHANG Cheng-Gang(軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所,北京,100850)
王正志,WANG Zheng-Zhi(國防科技大學(xué)機電工程與自動化學(xué)院,長沙,410073)
駱志剛,LUO Zhi-Gang(國防科技大學(xué)并行與分布處理國防科技重點實驗室,長沙,410073)
刊 名： 遺傳 ISTIC PKU 英文刊名： HEREDITAS(BEIJING) 年，卷(期)： 2006 28(3) 分類號： Q754 關(guān)鍵詞： RefSeq數(shù)據(jù)庫 轉(zhuǎn)錄組 質(zhì)量控制 人類標準轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)集【基于RefSeq數(shù)據(jù)庫的人類標準轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)集的構(gòu)建】相關(guān)文章：
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