利用病例-父母設計的候選疾病易感基因的LOD值排除分析

利用病例-父母設計的候選疾病易感基因的LOD值排除分析

已有的一種LOD值排除方法,可在隨機群體樣本中反過來檢測引起復雜疾病和數(shù)量特征的候選基因的重要性.LOD值排除方法是常規(guī)關聯(lián)分析的有效補充.雖然與傳統(tǒng)的關聯(lián)分析相比,方法更加保守,但是仍然受到群體分層的影響.為了控制群體異質(zhì)性所帶來的混雜影響,文中通過病例-父母設計,發(fā)展了一種LOD值排除分析方法.這種方法與連鎖分析中的排除分析是相似的.觀測到的核心家系數(shù)據(jù)的似然函數(shù)可以構建多項分布式:L=n!/Ⅱi,j nij! Ⅱi,j(pij)nij.其中nij是父母配對類型為i而受累子代的基因型為j的家庭個數(shù),pij為有一個受累子代的核心家庭中父母配對類型是i而受累子代的基因型為j的核心家庭的條件概率.這個似然值是基因頻率和被檢測遺傳標記的相對風險的函數(shù).在這種方法中,能夠分析候選基因的特定遺傳效應和遺傳模型.如果LOD值≤-2.0,檢測位點沒有含有比特定位點更大的效應而被排除.我們進行了模擬研究來檢測排除分析中遺傳效應和遺傳模型的功效.模擬表明,這種方法有一定的合理功效來排除一個具很小遺傳效應的候選基因.與核心家系中傳遞不平衡檢驗(TDT)關聯(lián)分析相似的是,該排除分析一般不受群體混層的影響.排除分析可以作為排除不含有或者含很小遺傳效應的候選基因的TDT分析方法的補充.這種方法已經(jīng)被用來檢測維生素D受體對骨質(zhì)疏松癥的重要性.

作 者： 鄧紅文 高桂民   作者單位： 鄧紅文(湖南師范大學 生命科學學院 蛋白質(zhì)化學與發(fā)育生物學教育部重點實驗室 分子與統(tǒng)計遺傳學研究室,長沙 410081;Department of Orthopedic Surgery, School of Medicine, University of Missouri-Kansas City, 2411 Holmes Street, Kansas City, MO 64108, USA)

高桂民(Virginia Bioinformatics Institute and Department of Statistics, Virginia Polytechnic Institute and State University Blacksburg VA 24061-0315, USA) 

刊 名： 自然科學進展  ISTIC PKU 英文刊名： PROGRESS IN NATURAL SCIENCE  年，卷(期)： 2006 16(5)  分類號： N1  關鍵詞： 關聯(lián)研究   候選基因   病例-父母設計   疾病易感位點   排除定位   LOD值  

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