支持向量機及組合預測在蛋白質(zhì)四級結(jié)構(gòu)分類中的應用

支持向量機及組合預測在蛋白質(zhì)四級結(jié)構(gòu)分類中的應用

目的:基于支持向量機建立一個自動化識別新肽鏈四級結(jié)構(gòu)的方法,提高現(xiàn)有方法的識別精度.方法:改進4種已有的蛋白質(zhì)一級序列特征值提取方法,采用線性和非線性組合預測方法建立一個有效的組合預測模型.結(jié)果:以同源二聚體及非同源二聚體為例.對4種特征值提取方法進行改進后其分類精度均提升了2～3%;進一步實施線性與非線性組合預測后,其分類精度再次提高了2～3%,使獨立測試集的分類精度達到了90%以上.結(jié)論:4種特征值提取方法均較好地反應出蛋白質(zhì)一級序列包含四級結(jié)構(gòu)信息,組合預測方法能有效地集多種特征值提取方法優(yōu)勢于一體.

作 者： 譚顯勝 袁哲明 周鐵軍 熊潔儀 王春娟 TAN Xian-shen YUAN Zhe-ming ZHOU Tie-jun XIO NG Jie-yi WANG Chun-juan   作者單位： 譚顯勝,TAN Xian-shen(湖南農(nóng)業(yè)大學生物安全科學技術學院,湖南,長沙,410128;湖南農(nóng)業(yè)大學理學院,湖南,長沙,410128)

袁哲明,熊潔儀,王春娟,YUAN Zhe-ming,XIO NG Jie-yi,WANG Chun-juan(湖南農(nóng)業(yè)大學生物安全科學技術學院,湖南,長沙,410128)

周鐵軍,ZHOU Tie-jun(湖南農(nóng)業(yè)大學理學院,湖南,長沙,410128) 

刊 名： 現(xiàn)代生物醫(yī)學進展  ISTIC 英文刊名： PROGRESS IN MODERN BIOMEDICINE  年，卷(期)： 2008 8(4)  分類號： Q518-3  關鍵詞： 蛋白質(zhì)四級結(jié)構(gòu)   分類   支持向量機   組合預測  

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