分子動(dòng)力學(xué)模擬中不同短程作用力計(jì)算方法的效率研究

分子動(dòng)力學(xué)模擬中不同短程作用力計(jì)算方法的效率研究

利用分子動(dòng)力學(xué)模擬的基準(zhǔn)問題,對(duì)截?cái)喟霃?cut-off distance)法、Verlet鏈(Verlet list)法和鏈格(linked-cell)法等分子間短程作用力的計(jì)算方法與模擬系統(tǒng)的粒子數(shù)、對(duì)比密度之間的關(guān)系進(jìn)行了研究.研究結(jié)果表明,各計(jì)算方法的效率與模擬系統(tǒng)的對(duì)比密度、粒子數(shù)量有密切關(guān)系.在粒子數(shù)為16 384時(shí),若對(duì)比密度為0.9,linked-cell法的計(jì)算效率是截?cái)喟霃椒ǖ?8倍,若對(duì)比密度為0.1,兩者的效率則相差100倍;在粒子數(shù)超過864以后,linked-cell法具有明顯的優(yōu)勢(shì).計(jì)算結(jié)果可以為合理評(píng)價(jià)分子動(dòng)力學(xué)并行算法的效率和加速比等指標(biāo)提供依據(jù).

作 者： 吳江濤 劉志剛 趙小明   作者單位： 西安交通大學(xué)能源與動(dòng)力工程學(xué)院,710049,西安  刊 名： 西安交通大學(xué)學(xué)報(bào)  ISTIC EI PKU 英文刊名： JOURNAL OF XI'AN JIAOTONG UNIVERSITY  年，卷(期)： 2002 36(5)  分類號(hào)： O552.3 O641.3  關(guān)鍵詞： 分子動(dòng)力學(xué)   分子間短程作用力   Verlet鏈法   鏈格法  

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